進行抵銷的方法有兩種，視乎僱主有否先向僱員支付長期服務金／遣散費而定。

1)僱主已向僱員支付長期服務金／遣散費：

僱主可向受託人提交證明文件，從僱員的帳戶內提取由僱主供款所累積的強積金。

僱主可能需要僱員書面確認已收妥該筆款項，以便向受託人申請抵銷。

2)僱主未向僱員支付長期服務金／遣散費：

僱員可以直接向受託人提交書面申請，以提取帳戶內僱主供款所累積的強積金。

如僱主供款所累積的強積金不足以支付須付的長期服務金／遣散費，僱員亦有權向僱主追討差額。

當僱員申請抵銷時，受託人會要求僱員提供證據，以證明僱員有權獲發長期服務金／遣散費，而僱主並未向僱員發放該筆款項。