我在此公司工作了1年2個月，於2月17日遞表辭職，卻在2月20日染疫。
老闆表示，在染疫隔離這14日不會用作計算通知期，但會當病假或無薪假。

請問是否合理？

我的理解是並不合理。
在通知期間，你仍是公司僱員，但中途生病不是個人意願。
染疫隔離這14日，當病假可以而且應該，公司應發放4/5疾病津貼；但同時應繼續計算通知期；
如按無薪假安排，則要看公司對現行對待染疫隔離僱員的安排是否相同；
不會用作計算通知期，這個安排不妥當，因你已進入離職通知程序，不應按疾病日期重新計算或安排通知期。