多謝 閣下查詢。《僱傭條例》中並有沒相關『抄牌罰款誰付』的條文，抄牌罰款是根據香港法例第237章《定額罰款(交通違例事項)條例》第14條登記車主的法律責任：
(1) 除第3(2)條另有規定外，第13條所訂的定額罰款，須由違例事項發生時身為有關汽車登記車主的人負責繳付。

《僱傭條例》只有僱主可在下列情況下扣除僱員的工資條文：
(1) 僱員缺勤，但只能扣除實際缺勤時間的工資；
(2) 僱員因疏忽或失職而損壞或遺失僱主的貨品、設備或財產，每次只可按值扣除，但以不超過$ 300爲限。此外，在這些情況下扣除的工資總額，亦不得超過僱員該工資期所得工資的四分之一；
(3) 僱主預支或多付給僱員的工資，可按數扣除，但不得超過僱員該工資期工資的四分之一；
(8) 僱主根據任何法例的規定或獲法例授權，可扣除僱員的工資；
※ 上述只屬部份條文，詳細請閱http://www.labour.gov.hk/tc/public/pdf/wcp/ConciseGuide/03.pdf

當然，僱主(登記車主)繳交的罰款“最終是由僱主或僱員承擔”，應以僱傭合約(雙方協定)為準! 作一個假設：僱傭合約規定抄牌罰款是由僱員支付，則僱主可於僱員工資中扣減代為支付的罰款。

閣下需要進一步提供資料才能作正確解答，如 貴公司辦公室是否在沙田? 對罰款處理之僱傭合約規定? 如需進一步協助，請致電2779 3766黃先生 / 邱先生 / 儲先生聯絡。