多謝 閣下的查詢。根據《僱傭條例》，年假薪酬的每日款額相等於僱員在「指明日期*」前 12 個月內所賺取的每日平均工資。如僱員的受僱期不足 12 個月，則以該段較短期間計算。
*年假日數一天，指年假當天；年假日數連續多於一天，指年假首天

注意：在計算每日平均工資時，僱主須剔除(i)未有付給僱員工資或全部工資的期間，包括休息日、法定假日、年假、病假、產假、侍產假、工傷病假或在其同意下放取的假期，以及沒有向僱員提供工作的任何正常工作日；連同(ii)就該期間已支付的款項。

至於年假的發放方面，在受僱每滿12 個月後，僱員須於隨後12 個月之內放取應得的有薪年假。年假日期應由僱主在徵詢僱員或其代表後指定。僱主須至少在假期開始的14 天前以書面通知僱員年假的日期；如雙方同意，可以較短時間通知。
年假須爲一段不間斷的期間。但如僱員要求，僱主可按下列方式給予年假：
‧年假日數不超過 10 天 可將不多於 3 天的假期分開發放，而餘下的年假則應連續發放；
‧年假日數超過 10 天 最少連續發放 7 天年假，餘下的年假可分開發放；

根據 閣下提供的資料，假設你年底月薪已增加，那你公司按此薪酬來計算公式扣減之前多放假期薪酬的方法並不準確，應該按法例重新計算。另外，按我們理解， 貴公司放取年假的安排有欠妥之處，法例精神是『由僱主在徵詢僱員或其代表後指定』，建議公司與員工加強溝通，協商好放取年假的安排。

如需進一步協助，請致電2779 3766黃先生 / 邱先生 / 儲先生聯絡。

以上觀點謹供參考，意見會因當事人提供的資料是否清晰而有所影響。