多謝 閣下查詢。《僱傭條例》上並沒有預支年假的相關條文，所以只能視為公司與 閣下之間的協定，因此相關處理亦應以協定的內容為準。相關法例條文：http://www.labour.gov.hk/tc/public/pdf/wcp/ConciseGuide/04.pdf。

至於扣薪，《僱傭條例》是有相關的條款涉及，例如：
1. 僱員缺勤，但只能扣除實際缺勤時間的工資；
3. 僱主預支或多付給僱員的工資，可按數扣除，但不得超過僱員該工資期工資的四分之一；
8. 僱主根據任何法例的規定或獲法例授權，可扣除僱員的工資；

就 閣下個案，公司已經向 閣下說明預支年假的條款，而 閣下在清楚知悉的情況下接納並的確向公司預支了年假，即同意條款。就此，公司是有權按協定條款扣減薪酬。
退一步說，假設 閣下現時提出反對，但公司有可能視這反對是與你預支年假協定為無效，再以缺勤為由作出扣薪。

如需進一步協助，請致電「港九勞工社團聯會」權益熱線2779 3766陳小姐/邱先生/儲先生聯絡。
以上觀點謹供參考，意見會因當事人提供的資料是否清晰而有所影響。