多謝 閣下的查詢。《僱傭條例》，並無就「午飯時間」及「小休時間」作出任何規定，原則上是以僱傭合約或雙方協定為準!

至於有關遲到的懲罰制度，《僱傭條例》只提及「僱主如因僱員缺勤只能扣除實際缺勤時間的工資」，並無提及可以因此而扣減假期/膳食/小休時間。不過，按上句法例「扣除實際缺勤時間」原意， 閣下公司扣減安排明顯超出實際勤時間，是不合理地的，涉及剝削「僱傭合約及僱傭條例」賦予 閣下的權益。。有關《僱傭條例》條文請參閱:https://www.labour.gov.hk/tc/public/pdf/wcp/ConciseGuide/03.pdf

‧僱主如無合理辯解而不給予僱員休息日，可被檢控，一經定罪，最高可被罰款5萬元。
‧僱主如無合理辯解而不讓僱員在法定假日、另定假日或代替假日放假，或不支付假日薪酬給僱員，可被檢控，一經定罪，最高可被罰款5萬元。
‧僱主如無合理辯解而不讓僱員放年假，可被檢控，一經定罪，最高可被罰款5萬元。

建議 閣下首先向僱主表達扣減按排乃違約兼違法，要求改善。如有需要，才透過勞工處、勞資審裁處等法律途徑控告或追索僱主。

如需進一步協助，請提供更多資料並致電「港九勞工社團聯會」權益熱線 2779 3766 儲先生/邱先生/嚴小姐/陳小姐/何先生聯絡。
以上觀點謹供參考，意見會因當事人提供的資料是否清晰而有所影響。