據 閣下提供的問題，涉及單方面更改僱傭合約條款，以及僱員缺勤，但只能扣除實際缺勤時間的工資等《僱傭條例》。

按法例，僱員以連續性合約受僱滿整個酬金期*，便可獲得僱傭合約內雙方指定款額的年終酬金。針對員工經常性遲到，公司採紀律處分是可以的，但不應扣減僱員過多薪酬福利，否則違法可被檢控。

*適用於按連續性合約受僱，而僱傭合約內（包括口頭或書面、明言或暗示）訂明可享有年終酬金的僱員。

僱主如故意及無合理辯解而逾期不支付年終酬金給僱員，可被檢控，一經定罪，最高可被罰款5萬元。

如需進一步協助，請致電「港九勞工社團聯會」權益熱線2779 7922 或 2779 3766(深水埗區) / 2781 0983(旺角區) / 3615 0018(觀塘)聯絡。
以上觀點謹供參考，意見會因當事人提供的資料是否清晰而有所影響。